Para santri dididik untuk berpikir analitis, kritis dan ilmiah. Pengajaran di Pesantren terbagi menjadi 2, yaitu:
Dengan berbekal ilmu agama dan umum para santri dididik agar dapat menggunakan kemampuan berpikirnya dengan optimal, sehingga dapat menghasilkan prestasi ilmiah yang berguna untuk agama dan dunia.
Allah telah menganugerahkan kita akal untuk berpikir.
Luqman berkata kepada anaknya, “Wahai anakku! Ketahuilah, bahwa puncak dari kemuliaan dan kejayaan di dunia dan akhirat adalah bagusnya akal. Sesungguhnya bila akal seorang hamba itu bagus, maka itu bisa menutupi aib dan celanya, serta bisa memperbaiki berbagai keburukannya.”
Dengan akal, manusia dapat mencari ilmu dengan baik sehingga mampu meraih kesuksesan akhirat dan dunia. Imam Syafii berkata “Barangsiapa yang ingin sukses di dunia maka hendaklah dengan ilmu, barangsiapa yang ingin sukses di akhirat maka hendaklah dengan ilmu, dan barangsiapa yang ingin sukses pada keduanya (dunia dan akhirat) maka hendaklah dengan ilmu (pula)”
Dan ayat alquran yang pertama turun kepada Nabi Muhammad shollallahu alaihi wasallam tentang membaca agar mendapatkan ilmu. Allah berfiman: “Bacalah dengan menyebut nama Tuhanmu Yang Menciptakan. Dia (Allah) telah menciptakan manusia dari segumpal darah. Bacalah, dan Tuhanmu Yang Maha Pemurah. Yang mengajar manusia dengan perantaraan qalam. Dia (Allah) mengajarkan manusia apa yang tidak diketahuinya” (QS. 96 Al ‘Alaq : 1-5).